食品加工廢水處理設備的工作原理主要基于物理、化學和生物學的原理：

物理處理原理：通過物理作用將廢水中的懸浮物、油脂等分離出來。例如，格柵可以攔截廢水中的大顆粒懸浮物；沉砂池和調節池可以去除廢水中的泥沙和調節水質；隔油池和氣浮機可以去除廢水中的油脂。

化學處理原理：通過化學反應去除廢水中的溶解性有機物、重金屬離子等。例如，中和池通過添加酸堿藥劑調節廢水的pH值，使其滿足后續處理的要求；氧化池利用氧化劑將廢水中的有機物氧化成無害物質；混凝沉淀池通過添加混凝劑使廢水中的懸浮物和膠體物質凝聚成較大的顆粒，從而易于沉淀去除。

生物處理原理：利用微生物的代謝作用去除廢水中的有機物。在活性污泥法中，微生物在活性污泥中大量繁殖并降解廢水中的有機物；在生物膜法中，微生物附著在載體表面形成生物膜，通過生物膜上的微生物降解廢水中的有機物；在厭氧消化池中，微生物在厭氧條件下分解有機物產生甲烷等有用氣體。